Hz. Yuşa Peygamber, Yusuf (A.S) neslinden gelmekte olup, Hz. Musa'nın yaşadığı çağlarda yaşamıştır. Hz. Musa'nın genç olan Yuşa ile birlikte iki denizin birleştiği yere kadar yaptıkları yolculuklar ve burada Hızır (A.S) ile bir araya gelmeleri, Kur'an-ı Kerim'in Kehf Suresi'nin 60-65. ayetlerinde anlatılmaktadır. Burada, Hz. Musa'nın yanında yer alan kişinin genç Hz. Yuşa olduğu rivayetlerden anlaşılmaktadır. Hz. Yuşa'nın Beykoz Yuşa Tepesi'nde gömülü olduğu inancı, Beşiktaş'ta türbesi bulunan Kanuni Sultan Süleyman’ın sütkardeşi Yahya Efendi'nin (1494-1570) manevi keşfi ile ilişkilendirilerek yaygınlaşmış ve şöhret bulmuştur.

Hz. Yuşa’nın, Hz. Musa (A.S) peygamberin vefatından sonra peygamber olarak görevlendirildiği ve Hz. Musa'nın yeğeni ve yardımcısı olduğu bazı tefsirlerde belirtilmektedir. Hristiyanlar ve Yahudiler ona Yeşu demektedirler. Yeşu (Yuşa), Beni İsrail’e gönderilen dört büyük peygamberden biridir. Yuşa adı İbranice'den gelmektedir. İbranice'de "ye" Allah, "şua" ise kurtarsın demektir. Zamanla bu iki kelimenin birleşimi Yuşa olarak değişime uğramıştır. Hz. Yuşa'nın babası, ona bu ismi koyduğunda İsrail'in Firavun'dan kurtarılmasını dilemiştir.

Hz. Yuşa, üç dine mensup insanların saygı gösterdiği bir muhterem zattır. Yahudiler, Hristiyanlar ve Müslümanlar ona sahip çıkmış ve İstanbul'a geldiği iddia edilen bir yere mezarını yapmışlardır. Bu tepe, tarihin ilk dönemlerinden bu yana kutsal bir yer olarak kabul edilmiş ve çeşitli uygarlıklar burada kendi dinlerinin ibadethanelerini ve tapınaklarını inşa etmişlerdir.

İlk çağlarda burada Zeus tapınağının bulunduğu ve Bizans döneminde bu tapınağın Hagios Michael adında bir kilise olarak değiştirildiği tarih kaynaklarında yer almaktadır. 1500'lü yıllarda yaşanan büyük deprem nedeniyle bu kalıntılardan günümüze kadar eser kalmamıştır. Osmanlı İmparatorluğu döneminde, Kanuni Sultan Süleyman'ın sütkardeşi olan ve Beşiktaş'ta türbesi yer alan Yahya Efendi'nin manevi keşfi ile türbe yeniden yapılandırılarak gerekli manevi itibarına kavuşturulmuştur.

Caminin yanındaki tarihi mescit, Kanuni Sultan Süleyman'ın emri ile yapılmıştır. Birçok padişah burada oluşabilecek izdihamı önlemek için ziyaretleri sınırlamış ve çeşitli önlemler alarak türbeyi koruma altında tutmuştur. Bu sıkı korumaya rağmen Yuşa Camii bir yangın geçirmiş ve Sultan Abdülaziz döneminde, 1863 senesinde aslına uygun olarak yenilenmiştir.

Boyunun çok uzun olduğu bilinen Hz. Yuşa'nın mezarının uzunluğu 17 metredir. Bunun nedeni, naaşının boyu değil, tam olarak kabrin neresinde yattığının bilinmemesinden kaynaklanmaktadır. Türbe, hangi yüzyılda olursa olsun ülke yöneticileri ve halk tarafından sonsuz bir saygı ve sevgiyle sahiplenilmiş ve korunmuştur. İlk olarak mezarının baş tarafı Kudüs'e yönelmişken, dünya İslam ile tanıştıktan sonra kendiliğinden kıbleye döndüğü, dilden dile anlatılan hikayelerdendir.